فوکویاما حمله به شورای نگهبان را مقدمه ای برای ضربه به ولایت فقیه و شکست ایران معرفی کرده است.
گروه سیاسی مشرق - «در بین کلیه مذاهب اسلامی، شیعه تنها مذهبی است که نگاهش به ولایت، فقهی است؛ یعنی فقیه می تواند ولایت داشته باشد. ولایت پذیری شیعه که براساس صلاحیت هم شکل می گیرد، آن را تهدید ناپذیر کرده است» این ها عبارات فرانسیس فوکویاما [نظریه پرداز و نویسنده کتاب پایان تاریخ (The End Of History) ] در سال ۱۹۸۶ در کنفرانس بازشناسی هویت شیعه می باشد، همان کنفرانس معروفی که به بررسی نقاط قوت و ضعف شیعه می پردازد و در محافل رسانه ای و ژورنالیستی بازتاب گسترده ای می یابد.
فوکویاما در همان کنفرانس بعد از بازشناسی نقاط قوت و ضعف شیعه راهکارهای عملی را نیز برای رویایی غرب صهیونیستی با شیعه می دهد او اینگونه پیشنهاد می دهد که پیش از وقوع فاجعه ای به خاطر وجود عنصر شهادت در میان شیعیان، جنگ به هر صورت متوقف شود و برای پس از جنگ پروژه مهندسی معکوس برای شیعه و مهندسی صحیح برای غرب را پیشنهاد می دهد. فوکویاما معنی و مفهوم مهندسی معکوس برای شیعیان ایران را در ابتدا" تهاجم به ولایت فقیه" ذکر می نماید و تاکید می کند که" تا ولایت فقیه را نزنید، نمی توانید به ساحت قدسی کربلا و مهدی تجاوز کنید. "
فوکویاما در ادامه مجددا تاکید می کند: " شما باید ولایت فقیه را بزنید، بعد اگر بپرسید چگونه می شود ولایت فقیه را زد؟ من می گویم از طریق اصلاح قانون اساسی. در قانون اساسی آنچه موجب قوام و بقای ولایت فقیه است شورای نگهبان است اگر بتوانید این رکن را از قانون اساسی حذف کنید، خود بخود ولایت فقیه هم در یک رفراندم زده می شود! شما باید این فیلتر را از بین ببرید… "
در دستور عملیاتی فرانسیس فوکویاما به صراحت طرح حمله به شورای نگهبانی را داده میشود که یکی از ارکان اصلی نظام اسلامی است و در کلام امام راحل از جایگاه بالایی برخوردار است که پیام امام خمینی در تاریخ ۲۵ اردیبهشت ۶۳ [پس از جوسازی شدید علیه شورای نگهبان و عملکرد آن در ابطال چند حوزه ی انتخابیه] تنها نمونه ای از این جایگاه والا می باشد «من به این آقایان هشدار می دهم که تضعیف و توهین به فقهای شورای نگهبان امری خطرناک برای کشور و اسلام است. همیشه انحرافات به تدریج در یک رژیم وارد می شود و در آخر، رژیمی را ساقط می نماید. لازم است همه به طور اکید به مصالح اسلام و مسلمین توجه کنیم و به قوانین، هرچند مخالف نظر و سلیقه ی شخصی مان باشد، احترام بگذاریم و به این جمهوری نوپا که مورد هجوم قدرت ها و ابرقدرت هاست وفادار باشیم. در خاتمه باید بگویم که حضرت آقایان فقهای شورای نگهبان را با آشنایی و شناخت تعیین کردم و احترام به آنان و حفظ مقامشان را لازم می دانم و امید آن دارم که این نحو امور تکرار نشود و به شورای نگهبان تذکر می دهم که در کار خود استوار باشید و با قاطعیت و دقت عمل فرمایید و به خدای متعال اتکال کنید. از خداوند تعالی عنایت و رحمت برای ملت عزیز را خواستارم. »