آقای علی مطهری از مواضع پدر بزرگوارش فاصله گرفته است تا جایی که حتی در مورد پیامبر اعظم (ع) گفته است:
پیامبر اسلام هم نمیتواند بگوید حکم فلانی سنگین است و بدون شنیدن دفاعیات آنها حکم صادر کند.
در هنگام فتح مکه پیامبر اسلام نام ۱۰ نفر را اعلام کردند و فرمودند هرجا آنها را یافتید بکشیدشان حتی اگر به پرده کعبه آویزان شده باشند. نفرمودند که اگر آنها را یافتید دستگیرشان کنید و بیاورید تا دادگاهی تشکیل دهیم تا از خود دفاع کنند بعد اگر حکم مرگ برایشان صادر شد بکشیدشان.
به نظر آقای علی مطهری پیامبر اسلام (ص) مطابق با افاضات او "حق نداشت" چنین حکمی صادر کند و لذا لابد مرتکب ظلم شده و از عصمت خارج گردیده است؟